L'ORSG se caractérise par sa pluridisciplinarité : épidémiologiste, statisticien, géographe, économiste, informaticien, documentaliste... De plus, de nombreux administrateurs, conseillers scientifiques et experts contribuent à l'optimisation de l'activité de l'ORSG.

Il dispose de 2 organes principaux :

Un Conseil d'Administration (CA) constitué de 16 membres, répartis en 4 collèges : collectivités locales (7), administrations de la santé (3), professions de santé (2), organismes de recherche (2). Le CA délibère sur la politique générale, les mesures relatives à l'organisation et le fonctionnement, le budget et les créations de poste, les conventions d'études, les rapports d'activités et financiers.

Un Conseil Scientifique (CS) composé de 12 membres choisis en fonction de leur compétence dans le domaine de la santé publique. Ils sont nommés pour 4 ans par le Conseil d’administration, sur proposition du Directeur de l’Observatoire. Un Président est élu à la majorité des suffrages exprimés. Le CS est consulté sur les actions sanitaires et sociales de l'ORSG, les questions d'ordre scientifique et technique, les projets de contrats, de conventions ou d'études.

Le CS peut formuler des avis, des recommandations sur toutes questions relevant de la compétence de l’ORSG. Il se réunit trimestriellement sur l’initiative du Président. Par ailleurs, le CS peut se réunir en session extraordinaire en invitant des experts extérieurs dans le but d’étudier l’opportunité, l’avancée du programme pluriannuel d’activités présenté par le Directeur de l’Observatoire, permettant ainsi de faire des recommandations pour l’évolution scientifique de la structure.